A középpontban  a Négy Lélek Szent ékköve áll, mely birtokosát rendkívül nagy hatalommal képes felruházni, ezért a legtöbb démon és hataloméhes ember is igyekszik megkaparintani magának.
Így volt ezzel Inuyasha is, aki csupán félig volt szellem. Végül az ékkő őrzője, Kikyou papnő egy fához szegezte szent nyílvesszőinek egyikével, aminek következtében Inuyasha mély álomba merült. A papnő azon a napon halálos sebet szerzett és úgy rendelkezett, az ékkövet holttestével együtt hamvasszák el, hogy ne juthasson a démonok kezébe.

50 évvel később egy furcsa lány tűnik fel a középkori Japánban, a neve Kagome. Ő valójában a modern Tokió városából származik és egy baleset folytán került vissza a Csontok Kútján át az 500 évvel ezelőtti távolkeleti országba. Hamarosan kiderül, hogy Kagome Kikyou reinkarnációja, ezt nem csupán hasonló kinézetük támasztja alá, hanem az is, hogy testében volt a Négy Lélek ékköve.
A kalandok itt kezdődnek, hiszen az ékkő ismét megjelent, a hataloméhes lények közt pedig természetesen futőtűzként terjed hír. Balszerencséjére Kagome széttöri az ékkövet, ami milliónyi darabra esik szét, miközben egy démontól próbálja visszaszerezni, immár Inuyasha segítségével, akit felébresztett mély álmából.
A történet tehát itt kezdődik el csak igazán, és ahogy haladunk előre a váratlan fordulatokban gazdag, eseménydús cselekményben, rengeteg rég elfeledett titokra is fény derül, és a sokszínű, egyedi karakterek csak még változatosabbá teszik ezt.Legnagyobb furdulat hogy egy Urasue nevű boszorkány feltámasztja Kikyou-t.
Hamarosan Naraku is feltűnik, egy ravasz démon, akiről később kiderül, milyen nagy szerepe volt Kikyou halálában és Inuyasha "fához-szegezésében". Nemsokára már ő lesz az ékkődarabok keresése közben bővülő kis csapat legfőbb ellensége. Tehát megindul az ékkőszilánk-vadászat és a harc Naraku ellen.